Valdés Soto se graduó de bachiller del Liceo Salvadoreño en 1979, en la especialidad de químico-biológico. Es doctor desde 1985 en medicina y cirugía de la Universidad Francisco Marroquín, de Guatemala, y de la Universidad Salvadoreña Alberto Masferrer, de El Salvador.

Asimismo, obtuvo en 1988 un posgrado en ginecología y obstetricia de la Universidad de El Salvador en 1988. En 1993 recibió una especialización en colposcopía.

En 2000, obtuvo una maestría en administración pública de la Universidad Dr. José Matías Delgado e Instituto Centroamericano de Administración Pública.

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